小田原教会は、1877年に聖ニコライ大主教が神父であったときに洗礼を受けたイオナ友田清兄とイオシフ峰義準兄によってはじまっている。
二年後には、信徒たちのあいだに聖堂を建てたいという気持ちが起こり、自主的に募金活動が始まった。
1887年には白亜の木造の聖堂が建立した。
残念ながら最初の聖堂は、関東大震災のときに焼失してしまった。
その後、塔ノ沢にあった小聖堂が小田原教会に移された。
1937年には栄町に土地を購入して、その小聖堂を移築した。
1969年には現在の聖堂が建てられ、1983年には信徒会館と司祭館が新築された。
小田原教会の信徒は、神奈川県の西部、藤沢市から湯河原、静岡県御殿市の範囲に居住している。